9月20日下午，杨一江校长主持召开全校处级以上干部大会，部署全校“甲流”防控工作。
会上，校党委副书记斯日古楞就学校防控“甲流”工作的领导机构、工作原则进行了说明。云炜恒副校长就防控工作的具体措施进行了安排部署。一是严格执行疫情“零”报告制度，校医院、保卫处设立24小时值班及疫情监控制度，必要时各学院和各工作组也执行24小时值班制度。二是要严格执行疫情发布制度，本着“及时、准确、公开、透明”的原则，向广大师生员工及时通报疫情。三是要严格落实疫情监控措施，切实做到早预防、早发现、早隔离、早治疗和追踪及随访制度。四是要严格疫情处置制度。五是要加大健康教育宣传的力度。六是要切实做好其他各项防控工作，包括建立学校师生健康状况晨检报告制度，确保各种场所良好的通风条件，取消一切非必须的规模较大的群体活动，加强学生食堂的卫生管理，积极开展校园爱国卫生运动，加强建筑工地民工防控工作等等。七是要严明纪律、落实责任，做到“处处有人管，事事有人抓、件件有着落”。
截至目前，我校已为每个宿舍配发了体温计，要求每天上报体温检测结果，同时，对宿舍、办公室、学生食堂、图书馆等重点部位进行消毒。从今天起，已经对学校实行了封闭管理，对进出校园的社会人员及车辆等也进行了严格管制。
为有效防控甲型H1N1流感，学校提示全校师生：甲型H1N1流感可防、可控、可治，要保持良好的心态，坚持锻炼身体，确保睡眠充足；尽量减少公众聚会活动，少去人群密集场所，避免与有发热症状的人密切接触；保持环境卫生，保证生活和工作场所的良好通风状态；注意个人卫生，经常用肥皂和流水洗手，咳嗽或打喷嚏时用纸巾遮住口鼻；一旦您或您周围的人出现发热症状，请尽快到校医院就医，并告知本学院、单位。
学校希望在甲型H1N1流感面前，师生员工要发扬师大人同舟共济、坚忍不拔的精神，携起手来，共同努力，打赢这场防控甲型H1N1流感的战役。

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2009年5月8日，校医院根据我国甲型H1N1流感发展趋势，制定了《内蒙古师范大学突发公共卫生事件应急工作预案》。
8月28日，为加强甲型H1N1流感防控工作，防范秋季开学后“甲流”在学校内爆发流行，维持正常的教学秩序，保证广大师生员工的身体健康和生命安全，我校根据自治区教育厅、卫生厅《转发教育部办公厅卫生部办公厅关于做好学校秋季开学甲型H1N1流感防控工作的意见》和《内蒙古师范大学关于建立应对突发性公共卫生和安全事件长效机制的实施意见》，结合学校实际，出台了《内蒙古师范大学防控甲型H1N1流感工作预案》。
在9月初的迎新工作中，学校按照上级要求，对全体新生进行了体温测量等工作。军训期间，也对学生健康状况进行严密监测。
9月9日，学校又下发了《内蒙古师范大学关于印发<校医院关于做好学校秋季开学甲型H1N1流感防控工作安排>的通知》。
9月17日，学校召开校长办公会，传达了自治区教育厅召开的电视电话会议精神，就我校预防“甲流”工作进行了专题研究部署。要求学校各单位必须高度认识预防“甲流”的重要性和紧迫性。在必要时启动《内蒙古师范大学防控甲型H1N1流感工作预案》。各二级单位要在学校防控“甲流”工作领导小组的基础上，成立本单位的防控“甲流”领导小组，由党总支书记牵头，紧密结合学生工作，有效预防疫情的发生、传播和蔓延。会议还要求各单位密切掌握学生情况，严格执行请销假制度。
9月19日上午，我校出现确诊病例后，学校高度重视，立即启动了《内蒙古师范大学防控甲型H1NI流感工作预案》，迅速对与确诊病例有密切接触的学生进行隔离观察。下午4时，学校召开紧急会议，校长杨一江。党委副书记斯日古楞、党委副书记、纪委书记傅永春。副校长云炜恒、照日格图以及学校有关职能处室负责人参加了会议。会议听取了呼和浩特市疾病预防控制中心负责同志对我校甲型H1NI流感疫情的介绍。之后，杨一江校长对我校防控甲型H1NI流感工作进行了安排部署并提出了具体的要求。